La manifestación más conocida de la infección por VPH son las verrugas genitales o condilomas, aunque la mayoría de las infecciones son subclínicas o latentes (el paciente no tiene lesiones visibles y por lo tanto no sabe que está infectado y que puede infectar).
El periodo de incubación varía mucho, lo habitual es de 3 a 6 meses, aunque puede ir de pocas semanas a más de un año, por lo que saber desde cuando está infectado el paciente o quién lo ha infectado es muy difícil.
Se estima que un 75% de la población sexualmente activa ha tenido o tendrá infección por el VPH, un 15% presenta infección activa y solo un 1% condilomas.